PCR Testi Nedir? Nasıl Yapılır?

İnsanlarda enfeksiyona neden olduğu bilinen 7 tip koronavirüs vardır. Bunlardan 4 tanesi hafif ile orta şiddette hastalığa neden olur.

PCR Testi Nedir? Nasıl Yapılır?

• 2002'de Şiddetli Akut Solunum Sendromundan (SARS) sorumlu SARS-CoV,
• 2012’de Orta Doğu Solunum Sendromu (MERS) MERS-CoV ve
• 2019'un sonlarında, Çin'in Wuhan kentinde bir grup pnömoni vakası ile tanımlanan SARS-CoV-2. 

COVID-19, SARS ve MERS gibi, çocuklarda daha hafif belirtiler gösterme eğilimindedir. Yetişkinlerden daha iyi prognoza sahiptir ve daha nadir görülür.

COVID-19 Bulaş Yolları Nelerdir?

Şu anda mevcut kanıtlar, COVID-19'un kişiden kişiye birkaç farklı yoldan bulaşabileceğini göstermektedir. İnsan koronavirüslerinin birincil bulaşma şekli, nefes alma, hapşırma, öksürme ile oluşan solunum damlacıkları yoluyla kişiden kişiye temasın yanı sıra kişiyle doğrudan temas şeklindedir. Enfekte hasta ile dolaylı temas ise, virüs ile kirlenmiş yüzeylerden ağza, buruna veya gözlere elle aktarılması yoluyla olur.  

PCR Testi Neden Yapılır?

• Nükleik asit testleri: Viral RNA varlığını tespit eder. Tipik olarak bunlar RT-PCR’ye (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) dayalı bir çoğaltma (amplifikasyon) adımı kullanır.
• Antijen testleri: Virüs yüzey proteininin parçası olan bir antijenin varlığını tespit eder.
• Antikor testleri: SARS-CoV-2'ye karşı üretilen antikorların varlığını tespit eder. 

PCR Testi Nasıl Yapılır? Örnek Nasıl Alınır?

• Öncelikle swab (sürüntü çubuğu) ile ağızdan girilerek boğazın arka duvarına kadar ilerletilir ve sürüntü alınır.
• Sonra aynı swab ile burun deliğinden girilir, derine kadar ilerletilir ve döndürerek çıkarılır. Taşıma besiyerine konur ve PCR laboratuvarına iletilir.
• Örnek alma zamanı, hastalığın şiddeti, sürüntüyü alma becerisi sonuçları etkileyebilmektedir. 

Pamuğa alınan salgı örneklerinde PCR birimlerinde nükleik asit testleri (NAAT’ler) ile doğrudan çoğaltma yapılıp belli bir konsantrasyona getirilen genetik materyalden virüs varlığı tespit edilir. 

Tanıda en yaygın olarak kullanılan yöntem ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonudur (RT-PCR). 
Farklı testler SARS-CoV-2 genomunun farklı bölgelerini tespit eder. Bazıları nükleokapsid (N), zarf (E) ve sivri uç (S) genleri ve RNA'ya bağımlı RNA polimeraz (RdRp) geni dahil olmak üzere iki veya daha fazla geni hedeflerler.

PCR Testi ile Virüs Ne Zamana Kadar Saptanabilir?

Viral RNA yayılımı belirtiler başladığında daha yüksektir ve günler, haftalar sonra azalır. 

• Enfeksiyonun seyri boyunca, PCR ile viral RNA saptanması, solunum yolu örneklerinde belirtilerin başlamasından 1-2 gün önce tanımlanmıştır ve hafif vakalarda 8 güne kadar devam edebilmektedir.
• Ağır vakalarda virüsün saptanması daha uzun süre devam edebilir, enfeksiyondan sonraki 2. haftada pik yapar.
• Nazofaringeal sürüntülerden ve dışkıdan (pediatrik hastalarda enfeksiyondan bir aydan fazla bir süre sonra) uzun süreli viral RNA yayılımı bildirilmiştir.
• PCR ile virüs bulaştan 10 gün ve daha uzun süre saptanabilmektedir. PCR ile viral RNA’nın uzun süre tespiti (hastalık başlangıcından 15 gün ve daha sonrasında) özellikle bağışıklık sistemi baskılanmış hastalarda görülebilmektedir.

PCR Testi Nerede ve Kimlere Yapılır?

PCR testi hastanelerin mikrobiyoloji laboratuvar ünitelerinde yapılır. Kamu hastaneleri başta olmak üzere özel hastanelerin mikrobiyoloji laboratuvarlarında ve PCR çalışma birimi bulunan özel laboratuvarlarda da PCR testi yapılmaktadır. Bir birimin PCR testi yapabilmesi ve sonuç verebilmesi için gerekli akreditasyonlara sahip olması ve doğru sonuç verebilmesi için sistem optimizasyonunun (çoğaltma işleminin doğru gen bölgesine yeterli miktarda uygulanması olarak özetleyebiliriz) yapılmış olması gerekir.

COVID-19’a bağlı olabilecek belirtileri olan hastalardan nazal sürüntü örneği alınarak PCR testi ile tanı konur.

Grup Florence Nightingale Hastaneleri Mikrobiyoloji Bölümü PCR Laboratuvarında çalışılan PCR test sonuçları, Sağlık Bakanlığı tarafından belirlenen sistem üzerine işlenmekte ve kişinin e-nabız sisteminden de takip edilebilmektedir.

Mart ayından itibaren Covid-19 PCR testi çalışan yetkili laboratuvarlar arasında yer alan Grup Florence Nightingale Hastaneleri, Halk Sağlığı Genel Müdürlüğü tarafından yapılan dış kalite kontrol çalışmaları programına da üyedir ve çalışma sonuçlarında yüksek doğruluk oranına sahiptir.

PCR Testi Sonucu Nasıl Değerlendirilir? PCR Testi Pozitif Ne Demektir?

Real-time PCR  yönteminde; oluşan viral RNA  miktarıyla orantılı olarak artan floresan boya ile  probların verdiği sinyal izlenir. Amplifikasyonun devir sayısı ile belirli miktardaki virus genomunun elde edilmesi sağlanır. Çoğaltılan virüs RNA’sı floresan boya ile ışıma yaparak  izlenebilir hale gelir.

PCR cihazında gen bölgesi çoğaltıldıktan sonra ürünler jel ortamda elektrik verilerek bir kontrol ürün ile birlikte koşturulur (elektroforez). Kontrol ürünün moleküler ağırlığı bilinir. Buna göre PCR ürünlerinin moleküler ağırlığına göre ulaştığı yer okunarak (moleküler ağırlığı büyük olan ürün geride kalır) test sonucunun pozitif veya negatif olduğu raporlanır.

PCR testi pozitif çıkan kişi SARS-CoV-2 ile enfekte olmuş demektir. Böyle durumdaki kişiler hemen izole edilir ve temaslı olduğu/geçmişte temas ettiği kişiler taranarak hasta olanların toplumdan izole edilmesi yoluna gidilir.

• RT-PCR testinin doğruluğunu karşılaştıran veriler, test duyarlılığının örnek türüne göre değişebileceğini göstermektedir.
• Viral RNA seviyelerinin nazal örneklerde daha yüksek olduğunu ve oral örneklerle karşılaştırıldığında daha sık tespit edildiğini ileri süren çalışmalar vardır.
• COVID-19 için solunum örneklerinde viral RNA’nın PCR ile tanısı, klinik, enfeksiyon kontrolü ve halk sağlığı yönetimi için karar vermeyi destekler.
• COVID-19 benzeri belirtileri olan hastaların tanısında SARS-CoV-2 tespiti, sağlık tesislerinde hasta bakımı, triyaj ve izolasyon için gereklidir.
• PCR testi, temaslı izleme veya yakın temaslıların asemptomatik enfeksiyon ve hastalık taraması için de kullanılabilir.
• PCR taraması özellikle uzun süreli bakım evleri gibi kapalı kurumlarda yaşayan riskli kişilere viral bulaşmanın önlenmesi ve erken kontrolü için de önem arz eder.
• SARS-CoV-2 için pozitif RT-PCR sonucu COVID-19 tanısını doğrular. Ek tanı testi gerekli değildir.
• COVID-19 hastalarında belirtilerin başlamasından haftalar sonra üst solunum yolu örneklerinde SARS-CoV-2 RNA'sı saptanabilir. Bununla birlikte, uzamış viral RNA tespiti mutlaka devam eden bulaşıcılığı göstermez.
• İlk test negatifse, ancak COVID-19 şüphesi devam ediyorsa (belirti varlığı gibi)  testin tekrarı önerilir.
• Test tekrarı için en uygun zaman genellikle ilk testten 24 ila 48 saat sonradır. 24 saat içinde testin tekrarlanması önerilmemektedir.
• PCR ile saptanabilen viral yükü hastalık şiddetini ve prognozu değerlendirmek için yararlı bir belirteç olabilir. Şiddetli vakalardaki viral yüklerin, hafif vakalara göre 60 kat daha fazla olduğunu gösterilmiştir.